Jego prawdziwe imię to Nagato (長門). Pochodzi z wioski Deszczu (Ame). Podczas wojny z wioską Konoha stracił rodziców, co wywarło ogromny wpływ na chłopca. Wraz z innymi sierotami, Konan i Yahiko, postanowił nauczyć się technik ninja. Ich nauczycielem został Jiraiya. Trening trwał trzy lata. W tym czasie uaktywnił się jego kekkei genkai Rinnegan (oczy Samsary). Poznaliśmy tylko efekty jego mocy: zmasakrowane ciało jednego ninja z Iwagakure. Za młodu Pein był bardzo płaczliwym i nieśmiałym dzieckiem. Czuł się zagubiony, aż do rozmowy z sensei Jiraiya, który mówił mu o dorastaniu. Po jego odejściu, wieści o dzieciach przestały dochodzić do niego i uznał iż nie żyją.

Oryginalnie Pein był długowłosym brunetem z zasłoniętymi przez grzywkę oczyma. Teraz posiada maszynę z sześcioma ciałami, przez którą może transferować swój umysł. Każde z ciał ma inne zadanie. Pierwsze ciało, które pierwotnie należało do Yahiko służy do kontaktowania się z innymi członkami organizacji oraz potrafi kontrolować pogodę. Ciało z długim końskim ogonem zostało użyte podczas walki. Podczas walki z Jiraiyą zostało wykorzystane do przyzwania pozostałych ciał. Grube zostało wykorzystane do zaabsorbowania ataków i obrony. Chude z długimi włosami jest adeptem Taijutsu. Kiedy Jiraiya pozornie pokonał trzy ciała Peina, pojawiły się trzy następne i ożywiły je oraz pozbawiły sannina lewej ręki. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki zostały ukazane, jako "Sześć Ścieżek Peina" (ペイン六道 - Pein Rikudō). Imię Pein jest wspólne dla wszystkich sześciu ciał. Ostatkiem sił Jiraiya zabił ciało z długim końskim ogonem i odkrył że wszystkie te ciała spotkał niegdyś, gdy jeszcze były normalnymi osobami. Pozostałe ciała dopadły Sannina, gdy próbował uciekać i zabiły go. Chwilę później pojawił się Zetsu, który stwierdził że gdyby Jiraiya odkrył sekret Peina, to on byłby zwycięzcą. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki łączą trzy elementy:

Rude włosy;
Kolczyki w różnych częściach ciała;
Oczy Rinnegan;
Inicjuje i nadzoruje technikę pieczętującą Dziewięciu Pieczęci Widmowego Smoka (Fuujin no Jutsu: Genryuu Kyuufuujin). Pein potrafi użyć techniki Zmiany Postaci (Shōten no Jutsu), poświęcając ludzi i tworząc z nich idealne kopie innych członków Akatsuki, łącznie z ich unikalnymi broniami i technikami. Siła klona zależy od ilości danej mu czakry (za pierwszym razem było jej 30%). Z członkami organizacji Lider potrafi się kontaktować za pomocą telepatii. Jego twarz po raz pierwszy ukazana zostaje w rozdziale 363. Po śmierci Deidary swoją funkcję w organizacji przekazuje Tobiemu który wyznacza mu schwytanie Naruto, nie chcąc kolejnych niepowodzeń.

Ludzie z Wioski Deszczu uwielbiają i boja się Peina, mimo iż nawet nie wiedzą czy istnieje. Na jego wzór noszą przekreślone opaski. Jedyne co wiedzą, to to, że jakiś czas temu zabił prawowitego przywódcę tej wioski, Hanzo, lecz aby się upewnić, że nikt nie wystąpi przeciwko niemu, zabił też jego rodzinę i przyjaciół (jest to jego serce ostrzy, którego ludzie boją się najbardziej). Ponieważ wszyscy uważają go za boga, sam zaczął się tak nazywać.

Plan Peina polega na zgromadzeniu wszystkich ogonowych bestii i stworzeniu ostatecznego zakazanego jutsu, za pomocą którego może niszczyć kraje. Będzie je sprzedawał innym, co spowoduje ogromne zniszczenie. Zabije setki tysięcy, a reszta będzie się bać. To ma zakończyć wszystkie wojny i pomóc światu "dorosnąć" (Pein uważa, iż ból pomógł mu stać się dorosłym oraz bogiem). Będzie to jego sąd boży.